Название местности Калитники известно с древности и связывается с именем великого князя Ивана Калиты, который, по преданию, пожаловал эту местность Крутицкому подворью. Кладбище в Калитниках основано во время эпидемии чумы в 1771 г. Власти запретили хоронить умерших в пределах города, и были устроены несколько кладбищ за границей Москвы.

В 1780 г. на кладбище был сооружен деревянный храм во имя Боголюбской иконы Божией Матери (сейчас на его месте памятный знак - каменная столпообразная часовня). Верхний ярус часовни увенчан главкой.