Этот храм в начале XVII в. стоял в городе, то есть в крепости. "Вероятно, это та самая церковь, про которую в описи 1626 года сказано: храм Преображение Спасово "пуст, строенья нет ничего"... Однако, в описи 1685 года этого храма уже нет, но появился другой "Спаса на глубоком". Стоит он уже на другом месте, там где и сейчас. Церковь стоит на самом въезде в Калугу. Ее построили на старой Смоленской дороге. Сам каменный храм был построен в 1700 году. Рядом с ним построена колокольня в 1776-1778 гг. Церковь имеет пять глав луковичной формы. В церкви было много старинных икон. Среди них особо выделялись иконы святого Василия и святой Параскевы Пятницы, икона святого Иоанна Воина. Современных сведений о церкви мало.

Информация с сайта:http=zkaluga.narod.ru/churches/

Кроме церквей Успения и Георгия за Верхом, сохранилась ещё церковь Спаса за Верхом (1700 г.) – дальше, у самого спуска к Оке, в начале бывшей Смоленской дороги. Белый пятиглавый храм словно воспаряет над красивейшей панорамой окской долины, что во всю ширь распахивается за ним. Виден и мост вдали со вспыхивающими искорками машин, смешно ползущих по своим букашечным делам над синей речной лентой... и сама река в голубоватой солнечной дымке... и зелёный, курчавый противоположный берег с древним селом Ромодановым, где ещё одна церковь там, далеко, мерцает золотистым шпилем колокольни. Сам «Спас за Верхом» невысок и невелик, зато он – один из самых почтенных по возрасту в Калуге. Старше его только храм Покрова на Рву и церковь в Ромоданове. Если у Покровской церкви маленькие купола расставлены слишком широко, то у Спасской – наоборот, слишком тесно (только над центром четверика, не затрагивая его края). В обоих случаях – это результат позднейшей перестройки. В начале XIX в. была капитально переделана трапезная. В 1776-78 гг., появилась ныне стоящая маленькая колокольня. В целом, несмотря на все переделки, храм Спаса за Верхом сохранил в своём облике дух посадского храма XVII века (строили его на рубеже веков – но в стиле прошедшего века). Храм памятен тем, что закрыт он был позже многих других (в 1938 г.), и в 30-е годы, по воспоминаниям старожилов, здесь ещё служил Калужский епископ Павлин (Крошечкин), ныне прославленный в лике священномучеников († 1937).

Храм Спаса за Верхом был возвращён Церкви в 1993 г. и сейчас действует как подворье Пафнутьева Боровского монастыря – великой всероссийской святыни: древней обители, расположенной в ста километрах к северу от Калуги.

Текст из книги А. Рощектаева «Паломнический путеводитель по Калуге»

По-видимому, этот храм в начале XVII в. стоял в городе, т. е. в крепости. Вероятно, это тот самый храм, про который в описи 1626 г., составленной писцом Владимиром Плещеевым, сказано: храм Преображение Спасово пуст, строенья нет ничего, в городе ж.

В описи 1685 г. этого храма в крепости уже нет, но зато появляется новая церковь Спаса на глубоком, деревянная. Вероятно, за этот 60-летний промежуток храм был перенесен на настоящее место. Нынешний храм - с приделами Никольским и во имя пр. Нила Столобенского был построен в 1700 г. Приделы были устроены за время с 1804 по 1810 гг. при содействии купца Захара Сорокина. Колокольня была сооружена в 1776 - 1778 гг. Настоящий храм построен в форме вытянутого куба и имеет пять глав, посаженных близко друг к другу, но не на углах. Вместо обычных кокошников под кровлей с 3-х сторон имелись полукруглые изображения святых. С боков трапезы были устроены слабые фронтоны, тоже со священными изображениями внутри. А над окнами, в полукружиях, были изображены святые лики. Колокольня трехъярусная, выстроена в готическом стиле, почти полностью скопирована с колокольни Воробьевской церкви. Такие же колонны, поставленные по три на углах каждого яруса, одни над другими; такие же оконца-голосники; такой же прорезной трибун-шпиль.

Иконостас храма, роспись алтаря и большинство икон в храме относятся к XVIII в. Иконостасы приделов и роспись стен храма были произведены в XIX в.

6 декабря 1898 г. по инициативе настоятеля церкви о. А. Макарова было открыто церковно-приходское попечительство. 13 ноября 1899 г. в с. Аненки была открыта Школа грамоты, приписанная к Спасо-Заверхскому приходу. Заведующим назначен о. А. Макаров. 19 сентября 1904 г. было освящено здание церковно-приходской школы, расположенной к югу от храма. Храму принадлежала часовня Св. Николая на источнике “Здоровец” в Березуйском овраге. В день весеннего празднования Свт. Николая - 22 мая совершались крестные ходы.

К достопримечательностям храма относились: 1) икона св. Иоанна Воина, написанная, как видно из надписи, в 1699 г.; 2) иконы св. мч. Власия и вмч. Параскевы окруженные изображениями чудес, совершенных святыми, могут относиться к XVII в., 3) “Печерская” икона Божией Матери, нового письма. С 1877 г. чтится прихожанами чудотворной, 4) Напрестольное Евангелие московской печати 1640 г. Размер в лист. Обложено красным бархатом с серебровызолоченным средником и угольниками на верхней доске. На среднике изображен деисус, на угольниках - евангелисты. Средник и верхние два угольника (судя по работе) относятся к XVII в., остальные два позднейшей работы (вероятно XVIII в). Сосуды и богослужебные книги XVIII в.

В 1908 г. в храме был произведен крупный ремонт. После ремонта храма епископом Вениамином был произведен малый чин освящения.

По воспоминаниям очевидцев, в 1930-х годах храм служил Кафедральным собором. В храме служили епископ Сильвестр (Братановский) и епископ Павлин (Крошечкин). Преосвяшеннейшие жили в доме церковного старосты - Михаила Ивановича Барсукова (ул. Смоленская, 4). Последний настоятель храма - протоиерей Георгий Васильевич Соколов за антисоветскую деятельность был дважды судим: первый раз в 1932 г. был приговорен к трем годам концлагерей; второй раз в 1939 г. был сослан в Коми АССР сроком на 5 лет. Вернулся из ссылки в октябре 1943 года. С февраля 1944 года служил псаломщиком в Георгиевском соборе, а с июня 1945 года - священником Николо-Козинской церкви. Похоронен на Пятницком кладбище г. Калуги (материал  из архива НКВД из дела по обвинению Георгия Васильевича Соколова). Иеромонах Иероним (Федотов Иван Арсентьевич) значился в 1933 году в списках членов церковного совета и членов общины верующих Спасо - Преображенского храма. Осужден по ст. 58 п. 10 УК РСФСР особым совещанием НКВД СССР 3 мая 1940 года на 5 лет ссылки в Коми СССР. Протоиерей Афанасий Васильевич Любимов проходил по делу владыки Августина и являлся членом якобы нелегальной церковно - монархической организации. 23 ноября 1937 года вместе с почти тридцатью обвиняемыми был расстрелян. Место захоронения не известно.

В 1938 г. храм был закрыт, а здание отдали под типографию, склады и другие учреждения. Для увеличения объема полезной площади в храме был сделан второй этаж. К началу восстановления внутреннее помещение храма представляло собой большое количество комнат, заваленных мусором. Кафельные полы были в основном сохранены, почти цела изразцовая печь.

В конце 1993 г. храм был передан православной церкви и по благословению Его Высокопреосвященства Высокопреосвященнейшего Владыки Климента является подворьем Рождества Богородицы Свято-Пафнутьева Боровского монастыря.

19 августа 1994 года в престольный праздник храма первую Божественную литургию совершил наместник Свято-Пафнутьева Боровского монастыря игумен Гавриил.  В Великий пост 1995 года службы были перенесены в правый придел, освященный в честь святителя Николая. 

19 декабря 1996 года из Свято-Пафнутьева Боровского монастыря, в сопровождении игумена Гавриила, прибыла икона преп. Нила Столобенского с частицей мощей. Осенью 1997 года в храме было проведено отопление.

http://korolev.msk.ru/books/dc/ea_l4751.txt

Вниз к реке, от Одигитриевской церкви, улица ведет на Смоленскую заставу. Там находится церковь Спаса за Верхом. По-видимому, этот храм в начале XVII в. стоял в городе, т. е. в крепости. Вероятно, это та самая церковь, про которую в описи 1626 г. сказано: храм Преображение Спасово “пуст, строенья нет ничего”, “в городе ж”.

В описи 1685 г. этого храма в крепости уже нет; но зато появляется новая церковь “Спаса на глубоком”, деревянная; вероятно, за этот 60-летний промежуток она была перенесена на настоящее место. Нынешний храм — с приделами Никольским и во имя пр. Нила Столобенского; он построен в 1700 г.; приделы за время 1804—1810 гг. при содействии купца Сорокина. Колокольня сооружена в 1776—1778 гг. Настоящая в форме вытянутого куба имеет пять глав, посаженных близко друг от друга (не на углах). Вместо обычных кокошников под кровлей такие же полукруглые изображения святых с 3-х сторон. С боков трапезы слабые фронтоны, тоже со священными изображениями внутри; над окнами, в полукружиях изображены св. лики. Колокольня трехъярусная, готического стиля, почти скопированная с колокольни Воробьевской церкви. Такие же колонны, поставленные по три по углам каждого яруса одни над другими; такие же оконца-голосники; такой же прорезной трибун-шпиль.

Иконостас настоящей церкви, стенопись алтаря и большинство икон в храме относятся к XVIII в. Иконостасы приделов и стенопись XIX в.

К достопримечательностям храма относятся: 1) Икона св. Иоанна Воина, написанная, как видно из надписи, в 1699 г. Письмо сохранилось хорошо. Серебровызолоченные венчики и подбородень иконы, судя по работе, могут быть отнесены ко времени написания иконы. 2) иконы св.-мч. Власия и вмч. Параскевы с чудесами могут относиться к XVII в. Однако первоначальная живопись икон испорчена позднейшими неумелыми подновлениями. 3) Икона Богоматери “Печорская”. С 1877 г. чтится прихожанами чудотворной. Письмо новое. 4) Напрестольное евангелие москов. печ. 1640 г. Размер в лист; обложено красным бархатом с серебровызолоченным средником и угольниками на верхней доске. На средине изображен “деисус”, на угольниках — евангелисты. Средник и верхние два угольника, судя по работе, относятся к XVII в., остальные два позднейшей работы, вероятно, XVIII в. Сосуды и богослужебные книги XVIII в.

Источник: http://emsu.ru/um/excurs/kaluga/malinin2/2.htm#Вниз к реке