Время появления храма во имя св.Стефана на этом месте доподлинно неизвестно.

На самом здании храма имеется каменная надпись в двух экземплярах, где говорится, что в 515 г. царица Евдокия велела выстроить в Феодорополе храм во имя святого Стефана, по молитвам к которому у нее перестала болеть нога, а также в память об этом - положила в этот храм частицу мощей, а именно - ногу святого Стефана. Впрочем, такой исследователь Византийских древностей как Кирилл Манго считал эту надпись позднейшей подделкой.

Помимо указанной, имеется и другая надпись (греческими буквами, но на османском турецком, что часто встречалось в турецкоязычных христианских общинах), гласящая, что церковь полностью обновлена на средства Моисея Василиу и освящена при митрополите Неокесарийском Иерофее 15 августа 1872 г.

В республиканский период церковь некоторое время использовалась в утилитарных целях, а затем была обращена в мечеть.