Город Мезень образовался из двух слобод - Окладниковской и Кузнецовой. Центр соборного прихода находился в бывшей Окладниковой слободе. Здесь было два храма. По устному преданию, первая церковь во имя сщмч. Климента, папы Римского, и Петра Александрийского построена в 1568-1570 г.г. новгородцами, бежавшими от царя Иоанна Грозного. Вторая церковь, в честь Пресвятой Богородицы, упоминается в повествовании 1602 года об обретении иконы Св. Троицы в Лампожне.

В одной из грамот царя Федора Алексеевича, говорилось, что в 1669 г. в Окладниковской слободе была церковь во имя сщмч. Климента и Петра, построенная по благословению патриарха Иоасафа и вскоре сгоревшая. Еще одна церковь - в честь вмц. Параскевы - сгорела в 1698 г.

В 1700 г. по благословению архиепископа Афанасия начато строительство теплого храма в честь Богоявления Господня, который был освящен в 1703 г. Со временем храм обветшал, и 28 сентября 1859 г., на средства прихожанина купца Стефана Шевкуненко, начато строительство нового Богоявленского храма. Его освящение состоялось 11 ноября 1861 г. Стефан Шевкуненко пожертвовал также капитал в 1000 руб. и лес, из которого был построен дом с мезонином и службами для причта.

Деревянное здание собора установлено на каменном фундаменте, к началу XX в. обшито снаружи тёсом, внутри оштукатурено, покрыто железом. Длина церкви с колокольней составила 13 сажен (около 28 м), наибольшую ширину 4 саж. 2 арш., высота до верха карниза 4,5 саж. На церкви было 5 глав. Окон больших - 19, поменьше - 8. Иконостас длиной 4,5 и высотой 3 сажени. Отапливался собор тремя печами. Колокольня построена в одном срубе с папертью, в 1 ярус, общей высотой 7 сажен. Под колокольней находилась сторожевая караулка.

В 1714 г. начато строительство холодной соборной церкви с тремя престолами: главным - в честь Рождества Пресвятой Богородицы, придельными с южной стороны - во имя сщмч. Климента, папы Римского, и Петра Александрийского, с северной стороны - Алексия, человека Божия. Престолы были освящены в 1718 г.

Церквь деревянная, на каменном фундаменте, снаружи и внутри была обшита тёсом, крыта железом. Длина 8,5 саженя (около 18 м), высота до верха карниза 4 саж. 2 арш. На церкви 9 глав. Окон 17 штук. Иконостас длиной 13,75, высотой 10,5 аршин. Колокольня построена в 1805 г., отдельно стоящая, в 1 ярус, обшитая тёсом, высота 18 саженей.

Кладбищенская Вознесенская церковь построена в 1905 г., деревянная, на каменном фундаменте, холодная, снаружи обшита тёсом. Длина 6 саженей, ширина 4 саженя, высота до верха карниза 2,5 саженя. На церкви 1 большая глава. Иконостас длиной 11,5, высотой 6 аршин.

Приписная церковь: во имя свт. Николая на лесопильном заводе дворянина Русанова, в 25 верстах от г. Мезени. Часовни: две в г. Мезени. По церковной грамоте Михаила Феодоровича к Мезенскому соборному храму было приписано немного угодий в разных местах, но по решению Сената в 1869 г. все они перешли в государственную собственность.

В 1888 г. было преподано архипастырское благословение мезенским купцам Ивану, Афанасию и Петру Ружниковым, пожертвовавшим 250 руб. на покупку железа для соборных зданий и 100 руб. на пополнение соборной ризницы.

В декабре 1893 г. епархиальным съездом духовенства был освобождён от процентов сборов с капиталов капитал Мезенского собора в 1000 руб., пожертвованный купцом Шевкуненко на ремонт собора.

В 1894 г. казенного жалованья полагалось: диакону 89 руб., псаломщику 62 руб. в год. Кружечных доходов причт получал до 520 руб. в год. Земли во владении причта имелось 22 дес. Дом для помещения причта имелся.

В 1894 г. на средства купца Ивана Ефремова Ружникова был сделан ремонт Богоявленского собора и заменен иконостас, всего на сумму до 6000 руб. серебром.

В 1910 г. в церковной собственности имелся церковно-причтовый дом, деревянный, в 2 этажа, с мезонином. Этот дом в 1913 г. был заменён новым, одноэтажным.

Священники: Герасим 1663 г.; Илия конец XVII в. (в 1702 г. переведен в Архангельский Троицкий собор); Феодор 1710 г.; Феодор Иванов 1745-1759 г.г.; Афанасий Гагарин до 1762 г.; Никифор Наумов до 1766 г.; Иаков Пертов; Василий Манаков до 1776 г. (протоиерей); Стефан Спирихин 1781 г.; Димитрий Павловский до 1784 г.; Иоанн Федоров до 1804 г.; Прокопий Герасимов Киприанов до 1806 г.; Варсонофий Гагарин до 1811 г.; Михаил Новиков до 1813 г.; Иоанн Розов 1808-1811 г.г. (протоиерей); Артемий Постников 1814-1820 г.г. (протоиерей); Каллинник Корытов 1821-1844 г.г. (с 1834 г. протоиерей); Гавриил Попов до 1850 г. (протоиерей); Василий Фирсов 1.7.1852-1870 г.; Петр Ивановский до 1880 г.; Михаил Темнорусов до 1883 г.; Симеон Кудрявцев до 1891 г.; Авенир Шабунин 1887-1890 г.г.

Церковный староста: мещанин Никандр Личутин 1887 г.

Источники РГИА. Ф. 799. Оп. 33. Д. 1. Л. 3-8, 14-16. АЕВ. - 1894. - №1. - С. 18, 22, 23. Краткое историческое описание приходов и церквей Архангельской епархии. Вып. 2 - Архангельск, 1895. - С. 291-296. http://parishes.mrezha.ru/parish_history.php?id=221