Большой каменный храм в русском стиле был построен в начале ХХ века в городе Кальвария Сувалкинской губ. для православного русскоязычного населения. Церковь была выстроена по проекту петербургского арх. Николая Всеволодовича Дмитриева. По идентичному проекту были также построены церкви Пророка Илии в Орше и Всех Святых в Гатчине. Строительство церкви обошлось в 40 000 рублей.

Торжественное освящение новопостроеной церкви во имя преп. Агафона состоялось 28 сентября 1903 г. Посвящение престола было выбрано в память героя русско-турецкой войны бомбардира Агафона Никитина (1848-1880), родившегося в деревне Кибартай (под Рудаминой, на территории нынешней Литвы), захваченного в плен турками под Геок-Тепе и павшего смертью мученика. Чин освящения был совершён благочинным свящ. Иустином Палецким в сослужении с духовенством православных приходов Кальварии, Мариямполя, Пакруоджи и 112-го Уральского пехотного полка в Олите.

Местный священник о. Пётр Кудрявцев в своей проповеди выразил благодарность председателю комиссии генерал-лейтенанту Кардашевскому, пожертвовавшему в храм икону Моление о Чаше, ставшую настоящим украшением храма. Генерал был взволнован до такой степени, что не мог остановить слез.

После занятия территории города немцами в начале Первой Мировой войны богослужения в храме были преостановлены.

В 1919 г. церковь отошла к католикам, став филиалом городского костёла Кальварии.

В 1941 г. была начата разборка церкви, но начавшаяся Великая Отечественная война помешала этому.

В обезглавленном виде многострадальный храм простоял до 1984 года, когда он был разобран. В настоящее время на его месте выстроен 4-этажный жилой дом (угол улиц Дариуса и Гирено, 17).