Приход начал функционировать в 1892 году в здании православной школы. Здание апостольской православной церкви с оштукатуренными кирпичными стенами и латинским крестом в основании было построено в 1896 году. Простое внутреннее убранство церкви дополнено иконостасом в стиле эклектики. Вокруг церкви расположено кладбище. В 1900 году число прихожан прихода Каарепере составляло 681 человек, а в 1938 – 152 человека. В 1941 году церковь пострадала в ходе боевых действий, однако приход продолжал свою деятельность. В 1973 году, а также в 1990-х годах црковь подвергалась разграблению и лишилась части икон, последний случай вандализма произошёл в 2006 году.