Храм появился в 2004 г. усердием бывших епископа Магаданского и Синегорского Феофана (Ашуркова) и мэра г. Магадана Николая Борисовича Карпенко. Первым настоятелем стал протоиерей Анатолий (Кожеуров). В мае 2004 года Указом Епископа Гурия (Шалимова) он был назначен Настоятелем храма и решал вопросы по строительству, убранству храма и благоустройству двора. Четвертого июля этого года были освящены колокола, а 10 июля совершилась первая Литургия и освящение Храма. Был установлен и освящен иконостас. Со временем в храме появлялись и освящались иконы, киоты и распятие Христа, изготовленные местными умельцами и привезенные из центральных районов страны.

Летом 2007 года на территории храма открылась церковная лавка. Был благоустроен двор. Службы проводились регулярно.
Отец Анатолий любил храм, был полон надежд и планов на будущее. Тяжелая болезнь оборвала его жизнь 29 июля 2008 года.Трудно переоценить все сделанное человеком, стоявшим у истоков создания Никольского храма.

В период с марта 2008 года по декабрь 2009 года Настоятелем храма был назначен иеромонах Леонтий (Горбатюк). Он продолжил все начинания протоиерея Анатолия. Прихожане с большим интересом слушали проповеди отца Леонтия.

К сожалению, суровый колымский климат подорвал здоровье отца Леонтия человека южного. 21 декабря 2009 года он уехал на Украину в город Одессу. Прихожане с благодарностью вспоминают отца Леонтия и продолжают общение с ним. С декабря 2009 года настоятелем храма назначен иерей Евгений Беляков.

/ по материалам библиотекаря прихода М.Н. Сидоренко, сайт http://mag-nikolas.cerkov.ru/istoriya-prixoda/