Село Большое Микушкино основано в 1756 году чувашами, переселившимися сюда из разных уездов Поволжья. Население села составляли государственные крестьяне.

В XIX веке входило в состав Бугурусланского уезда Оренбургской, затем Самарской губернии. Со второй половины XIX в селе живут также и русские.

В середине XVIII века в селе был открыт православный храм, который вскоре сгорел. В 1871 году в Большом Микушкино была открыта церковь во имя Святой Троицы, построенная вместо уничтоженной пожаром.

В 20-х годах ХХ века Троицкая церковь была закрыта. История самого здания неизвестна.

19 июня 2008 года в Большом Микушкино вновь был зарегистрирован приход в честь Святой Троицы. Новый деревянный храм был построен в 2009-2012 годах на личные средства уроженца Исаклинского района Моисеева А.И. На мемориальном камне, установленном на территории церкви, начертано, что церковь построена в память о жертвах репрессий 1930-1940-х годов и участниках Великой Отечественной Войны, погибших на полях сражений за Родину в 1941-1945 гг. Колокола были изготовлены и установлены на пожертвования прихожан.