Деревянная церковь во имя Святой Троицы в селе Красный Яр была построена в 1868 году на средства прихожан. Она имела два престола: главный — в честь Пресвятой Троицы и теплый (зимний) во имя святителя Николая Мирликийского, чудотворца. В приходе числилось 3075 человек, имелась церковно-приходская школа.

Летом 1939 года храм был закрыт и вскоре сгорел. Случайностью это было или поджог - до сих пор не выяснено. В советские годы на этом месте было построено колхозное здание, которое тоже сгорело. На территории бывшего храма теперь пустырь, остались только старые деревья и кое-где видны места захоронений - небольшие впадины.

В начале 90-х годов прошлого столетия в селе Красный Яр был возрожден православный приход, которому передали здание бывшей начальной школы. Вскоре начались богослужения. В 2013 году настоятелем храма назначен иерей Михаил Репин. И с тех пор в храме не прекращается ремонт: перекрыли кровлю, заменили окна, провели внутренний косметический ремонт.

Освящение храма состоялось 14 июня 2018г. митрополитом Йошкар-Олинским и Марийским Иоанном.

По информации с сайта Марийской Митрополии.