Впервые церковь в с.Апраксино упоминается в 1629-1630 годах, когда в селе стояли два деревянных храма- в честь Рождества Пресвятой Богородицы (летний) и Ильинский с приделом во имя св.благ.царевича Димитрия Угличского и Московского (зимний). Оба этих храма были построены Костромским Богоявленским монастырём, во владении которого село находилось, начиная по-меньшей мере с конца 16 века и вплоть до 1764 года.

В начале 90-х годов 17 века по инициативе тогдашнего настоятеля монастыря архим. Корнилия взамен деревянных в Апраксине был возведён каменный пятиглавый храм с колокольней, освящённый в 1695 году (в границах современного Костромского района он является древнейшим каменным храмом). В него были перенесены три престола из деревянных церквей: 1) в холодном четверике - в честь Рождества Пресвятой Богородицы, в тёплой трапезной; 2) правый - во имя свт. Николая Чудотворца, 3) левый - во имя св. Илии Пророка. Церковь закрыли в 1937 году, после этого церковное здание перестроили под школу. В настоящее время в древнейшем каменном храме района размещается неполная средняя школа.

Н.А. Зонтиков "Храмы Костромского района"

Богородицерождественская церковь с. Апраксина каменная, с такою же колокольнею. Холодная церковь построена в 1695 г. тщанием прихожан при архимандрите Богоявленского монастыря Корнилии, а теплая расширена в 1886 г. на средства прихожан. Обнесена каменной оградой, при церкви кладбище.

Престолов три: в холодной - в честь Рождества Пресвятой Богородицы, в теплой правый – во имя св. Николая, левый – во имя св. пророка Илии.

Средства церкви: капитал 4795 руб., 6 десятин 2397 кв. сажень сенокосной земли, отдаваемой в аренду, получается до 55 руб. в год.

Причт: священник, диакон и псаломщик. Казенного жалования получают священник 108 руб., псаломщик 36 руб., а диакон не получает. Священник и псаломщик живут в своих домах, диакон в церковно-общественном.

Земли при церкви усадебной 1800 кв. сажень, пахотной 28 десятин 344 кв. сажени, сенокосной 12 десятин 2111 кв. сажень, под дровяным лесом и кустарником 6 десятин 2268 кв. сажень, под дорогами, церковью и кладбищем 2 десятины. Пять планов и столько же межевых книг хранится в целости.

Прихожан муж. пола 1039, жен. пола 1177. За исключением немногих, работающих на фабриках, население занимается хлебопашеством. В приходе 2 земских школы.

Краткие статистические сведения о приходских церквах Костромской епархии». Справочная книга, Кострома, Губернская типография. 1911 г.