Ново-Маргеланский собор (Скобелевский городской собор) во имя святого благоверного князя Александра Невского спроектирован в 1891 году, построен в 1899 году, на Соборной площади, напротив дома военного губернатора Ферганской области, в псевдовизантийском стиле. Собор имел кирпичную фактуру фасадов и план в форме православного креста. Общие размеры 35x18.6 м, высота церкви с крестом — 30 м. Собор вмещал до 700 молящихся. Поначалу авторство проекта этой церкви приписывали академику И.С. Китнеру, но в Историческом архиве Санкт-Петербурга был обнаружен ее подлинный проект с надписью “Проектировалъ Сакович”. Данная разработка заняла второе место на всероссийском конкурсе по проектам храма на месте убийства царя Александра.

Общий архитектурный облик пятикупольного собора в богатырских традициях древнерусского зодчества современники сравнивали с Михаило-Архангельским собором Московского Кремля. Над молельным залом церкви возвышался шлемообразный купол с четырьмя полусводами. Над западным входом возвышался меньший, но такой же по очертанию купол колокольни. Фасады собора украшали многочисленные полуциркульные проемы, фланкированные колонками с византийскими капителями — 18 окон в нижнем ярусе, 20 — в среднем и 8 проемов в барабане купола. В западном нефе были устроены хоры на двойных мощных сосновых балках. Имел великолепные лепные украшения, выполненные местными мастерами - усто. Высокий пятиярусный иконостас и четыре киота были изготовлены в технике резьбы по алебастру узбекскими мастерами, вызолочены и инкрустированы бирюзой. Фасад и цоколь облицованы мрамором вишневого цвета, добытым в Чаткальских горах.

Особый эффект в мозаичном оформлении стен и ограды храма достигался сочетанием специально привезенного из России красного и маргеланского белого кирпича: так исключалась нужда в наружной штукатурке и окраске. Большинство икон для ферганского собора было написано в Санкт-Петербурге иноками Александро-Невской Лавры. Чтимыми святынями собора являлись присланный в благословение со Святой Горы Афон образ Богородицы «Избавительница» и храмовая икона святого Александра Невского.

У стены алтарной части находилось захоронение (могила и надгробный памятник-плита) основателя и первого настоятеля церкви протоиерея Афанасия Рышкина (умер в 1896 г.).

Ферганский Александро-Невский собор был разрушен в 1936 году, на его месте устроен стадион «Спартак».