Часовня является частью музейного мемориального комплекса в честь героических защитников Севастополя "35-я береговая батарея".
Выбор места под строительство часовни неоднократно обсуждался руководителями проекта мемориала, но после 8 декабря 2009 года было окончательно решено возводить часовню у обрыва скал, на территории последнего рубежа обороны города 1942 года. Именно в этот день при проведении земляных работ у подножия будущей часовни на склоне котлована были обнаружены останки шести моряков в полном боевом снаряжении, с винтовками. Место их нахождения подтверждает факт, что это были одни из последних защитников Севастополя. У них за спиной оставалось всего 62 метра не захваченной фашистами земли. 3 июля 2010 г. с воинскими почестями их перезахоронили под спудом часовни. Всего в июне-июле 1942 г. в районе 35-й батареи погибло и было взято в плен около 80000 защитников Севастополя.
3 июля 2011 г., в следующую годовщину окончания обороны Севастополя и в день открытия мемориала Митрополит Симферопольский и Крымский Лазарь часовню освятил.