Церковь была построена по типовому проекту военных храмов, утверждённому Строительной комиссией в 1901 г. (арх. Фёдор Михайлович Вержбицкий). Всего в Российской Империи к 1917 г.было выстроено не менее 60-ти таких церквей. Первоначально в Чарджуе (с 1927 г. - Чарджоу,в 1999 г. переименованном в Туркменабад) в 1899 г. при Управлении Чарджуйского воинского начальника была выстроена небольшая деревянная Никольская церковь. В 1911 г., ввиду того, что этот храм пришёл в ветхость, Военным министерством было выделено 37000 рублей на построение новой одноимённой каменной церкви по ранее утверждённому образцу для 6-го Туркестанского стрелкового полка. При этом непосредственно из полковой казны на строительство было выделено ещё 8000 рублей. В 1912 г. церковь была построена и освящена. К ней была приписана небольшая часовня, находившаяся на местном кладбище. С 30 апреля 1911 г. священником этого полка являлся прот. Николай Георгиевич Высоцкий (сведения на 1913 г.). Церковь была закрыта в 1932 г. В конце 1930-х гг. были разобраны шатёр колокольни и глава, а в начале 1960-х - остатки колокольни. Впоследствии в ней располагался клуб воинской части 03345А. В марте 2000 г. здание было возвращено Русской Православной Церкви и с августа 2001 г. в нём начались регулярные Богослужения. В настоящее время приход этого храма, в котором продолжаются реставрационные работы, окормляет настоятель Петропавловской церкви Туркменабада иерей Андрей Кирьяков. 

РГИА. ф.806, оп.11, д.368, лл.1-18. Клировая ведомость церкви за 1913 г.; Цитовичъ Г.А. Храмы Армiи и Флота. - Пятигорскъ, 1913, с.461; а также информация с официального сайта Ташкентской епархии http://www.pravoslavie.uz/turkmeniya.htm#turk 

Храм в честь святителя Николая Чудотворца был построен в 1899 г., строился как полковая офицерская церковь. После революции 1917 г. храм стал приходским и действовал до 1932 г.

Архивные документы сохранили сведения о том, что Православное общество взяло в бесплатное пользование храм в честь святого Николая, расположенный в городе Ленинск (Чарджоу) в особой ограде за городским садом (с находящейся в той же ограде сторожкой), а также приписанную к нему Епархиальным Управлением кладбищенскую Петропавловскую церковь.

2 августа 1925 г. настоятель собора протоиерей Павел Матусевич на запрос из Ленинского горисполкома ответил, что единственный в городе собор находится в руках общины верующих-обновленцев. 10 августа 1925 г. в Ленинский горисполком было подано заявление о регистрации Православной Религиозной общины, Уполномоченным которой был Михаил Ефимович Земенко.

18 января 1927 г. был произведен обыск на квартире настоятеля Николаевской церкви протоиерея Павла Матусевича. Формальным поводом к этому была продолжавшаяся регистрация крещений, отпеваний и венчаний. 2 августа 1927 г. настоятелю Николаевской церкви было отправлено письмо, в котором ему предписывалось отчитаться о службах, с описанием затрагиваемых вопросов и количеством присутствующих.

В 1932 г. в городском саду возле храма был убит последний настоятель собора протоиерей Николай. Его похоронили за алтарем Петропавловского храма. Чин отпевания совершил протоиерей Василий Попов.

В конце 1930-х гг. были разобраны центральный купол, и купола колокольни с крестами, в конце 50-х и начале 60-х г.г. – окончательно разрушены 2-ой и 3-ий ярусы колокольни и основание центрального купола. До апреля 2000 г. храм находился на балансе в/ч 3345 «А» и использовался как солдатский клуб.

Начиная с 1987 г. настоятели храма святых апостолов Петра и Павла иерей Александр, протоиерей Георгий Хорунжий, протоиерей Георгий Побыловский неоднократно обращались с просьбами о передаче церкви святого Николая православным города Чарджоу. Так, на Маслахате 1999 г. прозвучало обращение к президенту Туркменистана С.А. Ниязову с просьбой вернуть православным верующим, живущим в Чарджоу, здание храма. Президентом было дано указание командованию МО Туркменистана передать здание Николаевского храма в ведение Русской Православной Церкви и 24 марта 2000 г. в/ч 03345 «А» произвела передачу здания.

http://pravoslavie.tm/istoriya/

До сего времени, не смотря на 4-х тысячное православное население, в Чарджуе не было прихода. С 1891 г. приходская церковь со всем имуществом и капиталами передана была в ведомство протопресвитера воен. и мор. дух., куда перечислен был и приходской священник; с тех пор приход, как юридическая организация, перестал существовать, лишившись и собственного храма, и своего священника, превратившегося в священника военного гарнизона.

Получив в распоряжение храм, военно-духовное ведомство наложило властную руку на церковное достояние. В 1911 г. распоряжениями по военному ведомству Чарджуйская церковь со всем её имуществом перечислена из ведения местного воинского начальника в собственность 6-го Туркестанского стрелкового полка, и с этим прихожане утратили окончательно надежду вернуть себе ими созданное церковное достояние.

Туркестанские Епархиальные Ведомости. 1912 г. № 4

В 1904 году вокруг Свято-Никольского собора в Чарджоу (ныне Туркменабад) вспыхнул острый конфликт, названный в туркестанских газетах «чарджуйским скандалом». Собор, полностью построенный на средства прихожан, отобрали и передали в пользование немногочисленному местному гарнизону; вход в него гражданскому населению был закрыт. У православных Чарджоу ещё оставалась надежда на строительство нового храма, так как приходом были накоплены немалые денежные суммы, но и на приходскую казну наложило руку военное ведомство. Вскоре стало известно, что эти народные деньги растрачиваются армейскими чиновниками. В Чарджоу начались душераздирающие сцены: толпы православных горожан на коленях молились перед отнятым у них собором, у входа в который стоял солдатский караул. Петиции и прошения жителей Чарджоу о возвращении им храма или хотя бы приходских денег до 1907 года оставались без ответа.

Журнал "Восток Свыше"