Основание Никольской церкви, что в Ивангородской крепости, с лёгкой руки исследователя крепостей Северо-Запада России В.В. Косточкина связано со строительством Большого Бояршего города, ибо в переписной книге Шелонской пятины 1498 года говорится о том, что "внутри города церковь Никола Святый", хотя неизвестно, была ли она деревянной или каменной и в какой части крепости находилась. Учёные, исследователи Успенской церкви в Ивангородской крепости Михаил Мильчик и Дмитрий Петров полагают, что Никольская церковь была построена в 1557-1558 годах новгородскими мастерами по образцу Успенской церкви и её Покровского придела.

Новая церковь, сложенная как и крепость, из плит известняка, представляет собой однокупольный бесстолпный двухапсидный храм размером 8,57 х 8,31 м с мощным выносом апсид за пределы четверика. Барабан диаметром 5,9 м покоится на стенах четверика. Внутреннее пространство церкви освещается четырьмя окнами четверика, расположенными в арочных нишах, и восемью окнами барабана, устроенными в глубоких прямоугольных нишах. В церковь ведут три входных проёма. Снаружи Никольский храм декорирован достаточно скромно. По всему периметру фасада он имеет плоский цоколь высотой в три ряда камня. Четверик завершается антаблементом, очень схематичным по рисунку (прямоугольная полка, гладкий фриз, двузуступчатый карниз). Над дверями - полуциркульные ниши. Над апсидами, которые ниже четверика, - уступчатый карниз. Барабан украшен аркатурным поясом, арки которого одновременно являются архивольтами окон. Арки между восемью окнами барабана распределены неравномерно. При реставрации чуть ниже обреза тромпов были обнаружены каналы (30 х 28 см) от деревянных связей диаметром около 30 см. Связи полностью охватывали четверик. На южном и северном фасадах для вентиляции каналов были оставлены продухи.

По мнению того же Михаила Мильчика, ныне стоящий в крепости Никольский храм был построен в 1558 году, сменив одноимённый, упомянутый в Переписной книге. Поводом для обновления церкви было взятие Нарвы войсками Ивана Грозного в 1558 году. Успеху русского воинства немало поспособствовал пожар, внезапно вспыхнувший в Нарвском замке. Причину пожара предание связало с надругательством над православными святынями - иконами Богоматери Одигитрия и Николая Чудотворца, которое позволил себе "некий немец". Иконы, якобы, были найдены на пожарище не повреждёнными. Эти образа торжественно возили в Новгород и Москву, а по возвращении икона Богоматери Одигитрия хранилась в Успенском храме Ивангорода, а образ в честь святителя Николая Чудотворца - в Спасо-Преображенском храме в Нарве. В ознаименование победы, одержанной с Божьей помощью, и была вновь отстроена Никольская церковь Ивангородской крепости.

Внешнее убранство храма очень скромно и вполне соответствует назначению крепостной церкви. В ХVII веке во время завоевания крепости шведами, церковь была обращена в кирху, и продолжала быть таковой до 1704 года. С победой Петра I в Северной войне в церкви возобновились православные богослужения. 29 ноября 1918 года в Нарве была провозглашена советская республика - Эстляндская трудовая коммуна. Её юрисдикция распространялась и на Ивангород, который тогда являлся частью Нарвы. 10 декабря 1918 года Совет коммуны издал декрет о выселении из коммуны всех лиц духовного звания. Следом вышло новое постановление, запрещавшее совершение богослужений, а 30 декабря все культовые здания оказались в распоряжении местных исполнительных комитетов. Храмы Успенский и Никольский были тогда основательно ограблены, а 8 января 1919 года настоятеля Успенского храма о. Александра Волкова и пресвитера Димитрия Чистосердова расстреляли; тела казнённых бросили в нечистоты. Красный террор в Нарве продолжался недолго. Уже 19 января 1919 года в результате совместного контрнаступления вооружённых сил "буржуазной" Эстонской республики и белогвардейских отрядов под командованием генерала Н. Юденича Нарва была очищена от большевиков. Священник Никольской церкви Ивангорода Константин Колчин позаботился об отпевании мучеников и их христианском погребении. Богослужения в Никольском храме, как и в Успенском, возобновились и продолжались вплоть до присоединения Эстонии к СССР в 1940 году (закрыта в 1944 году). Церковь сильно пострадала во время боевых действий под Нарвой. Реставраторы пришли в Никольскую и Успенскую церкви лишь в 1976 году. В Никольской церкви с 1990-х годов дважды в год на Николу "Зимнего" и Николу "Вешнего" совершаются молебны.

Из журнала "Православные Храмы. Путешествие по Святым местам". Выпуск №107, 2014 г.